El programa actual de Diakonia en la región contempla cinco líneas de trabajo bajo un mismo concepto que es la construcción de una cultura Democrática: La promoción de la participación cualitativa de la gente en la construcción de una sociedad justa y equitativa y la superación de a pobreza que implican la promoción de la participación democrática de hombres y mujeres, sobre todo en los espacios locales; la promoción y defensa de los derechos humanos, tanto los Civiles y Políticos como los Económicos Sociales y Culturales, La igualdad y equidad de los géneros y la construcción de una Cultura de Paz en el continente, todos temas interdependientes en su desarrollo.

Estas líneas principales se focalizan en los distintos países de la región de acuerdo a la problemática de cada país y al establecimiento de objetivos y metas locales. Diakonia no desarrolla proyectos propios pero mantiene un rol activo en el impulso y construcción de redes: en el fomento de un desarrollo equitativo y sostenible en la región; en la cooperación con organizaciones de incidencia en los diferentes niveles de decisión en las estructuras de la sociedad; en la alianza para el intercambio de experiencias y saberes; y , en el análisis y formación de las contrapartes que permiten desarrollarse en conjunto para el mejoramiento de las acciones actuales en la región.Para que los cambios sean estables y duraderos es necesario que ellos provengan de las mismas personas. Por esta razón Diakonia acentúa la importancia de la participación cualitativa de la ciudadanía, que es el eje central en el programa de Sudamérica.Actualmente Diakonia canaliza su apoyo a través de 64 contrapartes: 20 en Colombia, 16 en Bolivia, 16 en Perú y 12 en Paraguay.Diakonia tiene Oficinas Nacionales en Bogotá, Colombia; Lima, Perú; Asunción, Paraguay además de la Oficina Regional que radica en La Paz, Bolivia, donde también funciona la Oficina Nacional para Bolivia, estas oficinas tiene la finalidad de:

a) Elaborar planes trienales que aborden las problemáticas d ela región y vinculen a los diferentes países que la conforman.
b) Promover y fortalecer las relaciones entre Diakonia y sus contrapartes como entre las mismas contrapartes en cada país y a nivel regional.
c) Garantizar el desarrollo y ejecución de los planes nacionales, la búsqueda y fortalecimiento de alianzas nacionales e internacionales.
d) Promover el intercambio de experiencias y, hacer seguimiento y acompañamiento cualitativo a los proyectos financiados.
e) Promover nuevos modelos de trabajo y el desarrollo de métodos.