El programa de Diakonia en Guatemala abarca las áreas de Democratización, Género, Derechos Humanos y Justicia Económica. Actualmente las áreas de democratización, principalmente en el ámbito local, y Derechos Humanos, son las que tienen mayor peso en el programa y en las que se ha desarrollado mayor experiencia. Género y Justicia económica están empezando a tener mayor impulso y en el futuro se tiene contemplado trabajar un resultado específico sobre Pueblos Indígenas.

Geográficamente el programa esta concentrado en los departamentos del occidente y norte del país, habitados por población mayoritariamente indígena Maya, en situación de extrema pobreza. Por consiguiente, la mayoría de las personas beneficiarias del trabajo de Diakonia son indígenas hombres y mujeres.

Las organizaciones con quienes Diakonia realiza trabajo de cooperación son asociaciones, coordinaciones, organizaciones de mujeres, organizaciones indígenas y campesinas.