El programa de Diakonia en El Salvador se articula alrededor de 5 objetivos: a) desarrollo local sostenible; b) transformación hacia la equidad de la cultura y estructura patriarcal; c) defensa de los Derechos Humanos e influencia en instituciones estatales e internacionales para garantizar su respeto; d) promoción nacional e internacional de agendas para políticas económicas y sociales claves para el desarrollo y la equidad; e) transformación de inequidades concomitantes a la cultura y estrucuras que sostienen el racismo y la opresión.

Junto a lo anterior, Diakonia tiene el propósito de apoyar en el país iniciativas ecuménicas que fomenten el protagonismo de las iglesias en la reflexión ética de la reailidad social y política.

Para alcanzar estos objetivos, el programa está compuesto por 13 organizaciones no gubernamentales (ONG's) que desarrollan su trabajo en alguno de los objetivos propuestos. La suma del trabajo de las ONG's del programa permite tener una cobertura territorial casi total del país.