El programa de Diakonia en Colombia está centrado en cultura de paz y derechos humanos, tanto civiles y políticos como económicos, sociales y culturales, con una perspectiva de igualdad de género. Diakonia ha priorizado su trabajo de cooperación en tres regiones: Chocó-Antioquia, Magdalena Medio y Bogotá.

Un aspecto especialmente importante del programa de Colombia es el fomento de la coordinación a través de distintas plataformas en derechos humanos y trabajo de paz, que mantienen vínculos activos con otras redes en Europa y Estados Unidos.

Los temas que desarrollamos en el presente son Cultura de Paz, Derechos Humanos, Equidad de Género y Justicia Económica y Social.

Los grupos meta están constituidos por las organizaciones de pueblos indígenas, el movimiento afrocolombiano, organizaciones de derechos humanos y paz, grupos de mujeres y sus líderes, víctimas de la violencia, organizaciones campesinas, y ONGs que apoyan a los sectores más afectados por el conflicto armado y la injusticia económica.