El fértil Istmo Centroamericano es un grupo de diversos países y poblaciones en el corazón de América; se extiende desde Belice pasando por Guatemala, Honduras, El Salvador, Nicaragua, Costa Rica hasta Panamá. Su clima principalmente tropical, sus playas, su topografía montañosa, sus bosques lluviosos y volcanes hacen de esta región poseedora de gran belleza natural aunque también con gran vulnerabilidad para los desastres naturales.

Diakonia inició su trabajo en Centro América desde 1980, ubicando su Oficina Regional en San José, Costa Rica. Caracterizándose su trabajo especialmente por el apoyo y acompañamiento a las víctimas de los conflictos armados internos: refugiados, desplazados, retornados, organizaciones de base, víctimas de catástrofes, etc.

A principios del 89 se inicia el diálogo en Nicaragua entre el gobierno y la resistencia nacional; en Guatemala la fase de negociación se inicia en 1991 y en el caso salvadoreño con la participación de la sociedad civil organizada y el apoyo de la comunidad internacional se logra la firma de los acuerdos de paz en 1992.

En este contexto el apoyo de Diakonia se prioriza hacia una estrategia de búsqueda de condiciones de justicia y equidad social con el fin de lograr mejores condiciones de vida de las poblaciones locales, su apoyo continúa dado a través de iglesias, movimientos populares y su grupo meta los más desposeídos y los grandes temas de este periodo son: Búsqueda de la Paz - Fortalecimiento de los procesos de paz –Creación de condiciones hacia la democracia y el respeto a los derechos humanos, -Búsqueda de alternativas de desarrollo humano – enfatizando cada tema de acuerdo a la situación coyuntural de cada pais.

En 1993 se realiza el traslado de la oficina de Diakonia hacia San Salvador con la idea de estar más cerca de los procesos de paz en El Salvador y Guatemala donde se tenía la mayor parte de contrapartes.

Este período caracterizado por cambios significativos en las relaciones socio-políticas de los países va demandando tambien de Diakonia la necesidad de replantearse su estrategia de apoyo en la región, por lo que la política actual de Diakonia es promover procesos de democratización dentro del marco del desarrollo local con énfasis en el apoyo a los gobiernos locales y la participación ciudadana; derechos humanos y el enfoque de género, interculturalidad y justicia económica visto de una perspectiva de incidencia hacia las políticas públicas y macro-económicas.

Esta estrategia no excluye continuar con el apoyo por emergencias, como por ejemplo, el Huracán Mitch en 1998 que afectó a toda la región Centroamericana y de la misma forma los 2 terremotos que azotaron a El Salvador en 2001.

Actualmente Diakonia canaliza su apoyo a través de 55 contrapartes : 20 en Guatemala, 13 en El Salvador, 11 en Honduras y 11 en Nicaragua.

Desde 1991 también funcionan oficinas nacionales en Guatemala City, Guatemala; Managua, Nicaragua; Tegucigalpa, Honduras; San Salvador, El Salvador, con el fin de: -Promover y fortalecer las relaciones entre Diakonia y sus contrapartes como entre las mismas contrapartes en cada país y a nivel regional; -Garantizar el desarrollo y ejecución de los planes nacionales, la búsqueda y fortalecimiento de alianzas nacionales e internacionales; -Promover el intercambio de experiencias y, hacer seguimiento y acompañamiento cualitativo a los proyectos financiados.